Ανταποκρινόμενη στις επιθυμίες των πελατών της, το 1998 η PHOENIX εγκατέστησε υποκατάστημά της στη Θεσσαλονίκη με σκοπό να προσφέρει νέες ευκαιρίες για μεταφορές με κάθε μεταφορικό μέσο και για κάθε τύπο φορτίου, όπως και συνδυασμένες μεταφορές στη Βόρεια Ελλάδα αλλά και τον ευρύτερο Βαλκανικό χώρο, συνδέοντας το λιμάνι και το αεροδρόμιο της Θεσσαλονίκης με τα Διεθνή logistics της εταιρείας. Το γραφείο της Θεσσαλονίκης εξυπηρετεί φορτία προεχόμενα και προοριζόμενα για τη Βόρεια Ελλάδα, όπως και φορτία transit από τις γεωγραφικές περιοχές της Αλβανίας, Σερβίας & Μαυροβουνίου, Κοσσόβου, Βουλγαρίας και ΠΓΔ της Μακεδονίας.

Το γραφείο είναι εγκατεστημένο στο Λιμάνι της Θεσσαλονίκης, διαθέτει προσωπικό στο Αεροδρόμιο Μακεδονία (SKG), έχει δυνατότητες αποθηκεύσεων και διανομών, διενεργεί εμπορικές δραστηριότητες και πωλήσεις στη Βόρεια Ελλάδα και τα Βαλκάνια, είναι πλήρως αυτοματοποιημένο με συστήματα ERP (Enterprise Resource Planning) και MRP (Management Resource Planning) σε σύνδεση με τον κεντρικό Η/Υ των γραφείων του Πειραιά και όλες οι δραστηριότητές του είναι πιστοποιημένες με το πρότυπο του Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας ISO-9001:2000 και του Συστήματος Περιβαλλοντικής Διαχείρισης και Ευθύνης ISO-14001:2005.